现状
国内市场趋向饱和
根据日本制药工业协会对29家在东京证券交易所上市的药品公司的调查，泡沫经济破灭以后的十年以来，药品产业依然保持着相对高的增长速度，而其他的产业在销售和利润方面都呈现的是负增长。目前报道的药品产业销售增长率是2%，然而其平均营业增长率达到了5%。
不过，如果我们关注日本的国内市场，就可以发现药品市场已渐渐达到饱和状态。国家出生率的减少和老年人口的增加使得日本国内健康保险系统陷入崩溃的边缘。因此政府通过采取某些措施如国家健康保险价格每两年修订一次来设法制止相关的卫生保健费用，或促使药品的费用更加地合理化。
药品大剂量配给管理的
诊断组合过程（DPC）系统在2003年4月，授予日本82家医院为“特殊功能医院”。（这些医院实行复杂的外科手术，或提供先进治疗）在这种系统下，大体上就医的病人一天的治疗费用有一个固定的总数。而在传统的费用-服务系统中，病人必须为每一次治疗支付预定的费用，而且治疗过程中的所付药品的费用没有上限。在DPC系统中，根据医疗设施确定费用，预定费用受到了限制。因此，医院必须在限定范围之内确定费用。结果，医疗产品的使用受到制约。
加速出口的主要药品公司
国立癌症中心：築地（东京）
同时，自90年代末以来，作为走出低迷的国内市场的手段，日本一些主要的药品公司一直都致力于拓展出口业务。日本的六家公司，其中武田药品工业和Eisai的出口率增长了10%。在十年内，这六家公司在出口总额上占的比率从70%增长到90%。在国内市场仍处于萧条的状态下，有海外销售网络和研发能力的大公司，与中型公司之间的差距逐渐在扩大。
历史
继美国之后的第二大市场
日本药品市场是继美国之后世界第二大市场。美国预计2005年的增长率将超过11%，而日本在低迷市场的影响下增长率只有2%多一点。日本有两种类型的药品，-处方药必须由医生开出，非处方药（OTC）则可以在药店自由购买。在日本市场处方药占到药品总量的90%。
许多主要的日本药品公司，如武田，三共和山之内制药生产和销售的药品主要是处方药，同时也会涉及到部分非处方药的生产和销售。然而，当非处方药的市场相对较小的情况下，就需要大量的广告经费，利润也会比较少，因此大多数此类销售都会亏损。
尽管有些像大正制药的药品公司在开展非处方药药品业务拥有较好的盈利能力，开展非处方药业务的大多数是中型和小型的药品公司，大正毫无疑问是非处方药药品的领导者，SSP制药（ssp）位居第二。大正制药在健康饮品市场占有40%的份额，其在感冒药市场达到30%不到一点点。在大正制药的影响下，许多非处方药药品大公司在健康饮品和感冒药方面加大了投资力度。
系统的全面改革：药品价格的修改以及配药和处方的功能分离
自从1990年日本政府进行促进卫生保健的改革以来，日本的药品市场的增长率出现了停滞不前的现象。政府改革的目的是为了消减增长的国家卫生保健经费。政府的改革有两大块：NHI 价格的修改以及配药和处方的功能分离。NHI 价格的修改的目标是通过对规定固定的药品价格进行修改来使得药品价格与市场实际价格更加地贴近 。
在过去，医院通过规定固定药品价格与市场实际价格之间的差额来盈利。事实的结果就是这些药品以低于规定的固定价格出售到医院，（医院根据规定的固定价格为NHI补贴开具政府发票）等等。这就意味着保险组织和政府将要为药品治疗提供超额的费用。
目前由于大量的政府预算亏损，已经没有空间再继续允许有这样浪费的花费了。因此政府开始采取两种措施。其一是，作为一项基本规则，NHI药品价格每两年修改（降低）一次，以至于药品规定的固定价格与市场实际价格尽可能更加贴近 。其二是为了消除医药过量处方，对医疗处方功能和配药加强分离。
重组，围绕处方药的生产，变得活跃
在全药工业的工厂感冒药品膜包装
配药和处方功能的分离促进了一种“分工现象”即医院负责病人的治疗以及药品的处方，药房就负责出售药品。目的是通过对大量药品的管理来杜绝医院药品盈利的现象。
结果是国内药品公司的重组，围绕处方药的生产都变得活跃起来了。三菱东京制药和原吉富制药株式会社2001年10月合并成为三菱制药株式会社。中外制药与Nippon Roche K.K, Roche瑞士的子公司于2002年10月合并，第一制药收购了三得利的医药品事业。大正制药，日本最大的非处方药药品公司，2001年宣布和田边制药进行商业合并，在之后撤回了收购方案。于2002年8月和富山化学工业成为广泛的战略伙伴，并在2003年4月整合了处方药品的销售。
展望未来的三个重点
第一点
研制新药品的主要风险
医药产业的未来有三个预测的关键点：重组，分工和收购国外企业。
首先，期待产业重组促进作用的实现。日本健康保险系统的改革对药品产业有着主要的影响。政府的政策措施限制医疗经费（药品费用）直接导致药品市场的萧条。作为前面所提到的，这就是为什么主要的日本药品公司致力于新药品的开发，对美洲和其他海外市场的积极扩张已经提上日程。
配药和处方的功能分离制度建立。药店而不是医院负责销售药品给病人。
这里已经解释了规定的固定药品价格的继续修订是药品公司的利益受到损害的主要原因。因为新药品的价格比那些在市场上销售了一段时间的药品的价格要高得多，所以药品公司急需推进跨时代新药品的开发。
然而，新药品的开发要求巨大的研制经费，同时也不会确定这些投资是否能为新药品的开发带来希望。在这种情况下，该业务具有很大的风险。根据一项预测，新药品开发实际商业化的成功比例为6，000：1。同时据报道将新药品投放到市场要花费超过十年的时间，150亿到200亿日元的费用。
能否突入大型合并的2强时代?
即使投入大量的资金，但新药品的开发达到能将药品在市场上出售还是需要时间，生产和销售新药品的药品专利权能持续20年。这意味着药品在盈利能力方面有下降的可能性。
因此，为了减少庞大的研制经费，全世界正在进行大规模的业界重组。而日本的制药公司却与此无缘。通过实力雄厚的制药公司之间的合并，而使经营规模的不断扩大，开发新药的负担相对就会减轻。
2003年在美国辉瑞股份公司处方药品产品的销售额达到了400亿美元，这个是武田药品工业（日本第一大的药品公司）的6倍。
山之内制药（第三大销售公司）和藤泽药品工业（第五大）已经发表了两社于2005年4月进行商业合并。如果这项主要的合并按照预期的目标发展的话，将成为继武田药品工业的第二大的药品公司。这也将可能导致日本药品产业的重组，促使不想落后的其他公司之间掀起了合并的狂潮。
第二点
研发和生产的分工
产业的重组也将可能促使产业分工的产生。2002年7月药事法的修正使药物产品的生产形成了合理的系统。按过去的条例要求，做为义务公司进行新药品的研发时必须在公司内部生产这种药品（至少实施一个生产过程）。根据修订条例，公司可以将所有的生产过程托付给外面的公司。
因此，我们看到主要的药品公司将其资金资源投入到研发新药品以及将全部的生产过程委托给外面的公司。同时，一部分中型的药品公司对新药品的研发不投入任何的精力，而是致力于委托生产。我们看到了研究开发和生产的分工。
第三点
欧洲公司的攻势
.许多主要的欧洲药品公司开始在日本市场投放新的药品，包括Aventis (法国)，GlaxoSmithKline (英国.) 和 Boehringer Ingelheim (德国)。他们加强在生活习惯病和中心神经系统相关疾病方面的产品阵线，这些领域在市场扩张方面是很有潜力的。
日本是世界上继美国之后的第二大的市场，但是欧洲企业的市场份额仍然较低，有较大的发展空间。Roche已将中外制药收购，另外Pfizer（美国最大的药品公司）也加强了对日本市场投入。所以现在外资企业的日本市场份额已经超过了30%。美国，欧洲和日本公司在日本市场的竞争必将更加激起日本药品产业的重组。
